L'agro di Santeramo in Colle presenta i tipici tratti geomorfologici del territorio carsico: un substrato calcareo, con affioramenti rocciosi e presenza di lame, doline ed inghiottitoi.
L'articolazione morfologica e vegetativa permette di individuare tre zone distinte: il Bosco, le Murge, le Matine. Il Bosco è la zona situata in direzione Bari, così chiamata perchè anticamente vedeva la presenza di vaste estensioni di boschi di querce, oggi quasi del tutto estinti, che hanno lasciato il posto a terreni coltivati ed aree fortemente antropizzate. Le Murge sono l’elemento che caratterizza maggiormente il territorio di Santeramo e sono formate prevalentemente da rocce di natura calcarea, che lo attraversano da sud a nord dal Serrone a Murgia Sgolgore. Particolari sono le Quite, sulla Via Alessandriello, caratterizzate da una maglia ordinata di muri a secco (i parate), trulletti e specchie. Le Matine, in direzione Matera, sono rappresentate da una vasta pianura, un tempo paludosa, che costituisce la zona fertile del territorio santermano e sono caratterizzate da estese coltivazioni di cereali e dalla presenza di numerosi insediamenti rurali.